Skopje położone jest nad rzeką Wardar w otoczeniu wzgórz. To właśnie dzięki warunkom naturalnym obszar ten zamieszkiwany był już w neolicie. Doceniano dostęp do wody, w miarę żyzne gleby i w końcu dobre ukształtowanie terenu, co znacznie ułatwiało obronę. W V w. p.n.e. osiedlili się tutaj Ilirowie i dali nazwę swej osady - Skup. Dopiero jednak pod koniec panowania...